يحتوى التنظيم الإداري الحالي لمركز البحرين للدراسات والبحوث على ثلاث وحدات بحثية رئيسية: الدراسات الاقتصادية والإستراتيجية. دراسات التسويق والدراسات الاجتماعية والتربوية. الدراسات العلمية. ويرأس كل وحدة بحثية مساعد للأمين العام، وتتفرع كل وحدة من هذه الوحدات إلى مجموعة من الإدارات والأقسام البحثية. كما استحدث المركز في عام 2003 برنامج الدراسات الاستراتيجية والدولية وحوار الحضارات.