يشارك المركز في عضوية اللجان التالية:

1. "لجنة البحرين الوطنية للتربية والعلوم والثقافة" والتي تضم مختلف الأعضاء المهتمين بشئون التربية والعلوم والثقافة في مملكة البحرين. وتعتبر هذه اللجنة حلقة اتصال بين أجهزة المملكة ومنظمة الأمم المتحدة للتربية والعلوم والثقافـة (اليونسكو) والمنظمة العربية للتربية والثقافة والعلوم (الالكسو) ومكتب التربية العربي لدول الخليج والمنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة (الايسيسكو) .
2. "لجنة التعاون العلمي والتقني " التابعة للأمانة العامة لمجلس التعاون لدول الخليج العربية والتي تهدف إلى دفع عجلة التقدم العلمي والتقني في مجالات الصناعة والتعدين والزراعة والثروات المائية والحيوانية، وإنشاء مراكز البحوث العلمية، واكتساب قاعدة ذاتية أصلية تقوم على دعم وتشجيع البحوث والعلوم التطبيقية والتقنية، وتطويع التقنية المستوردة بما يتلاءم مع طبيعة احتياجات المنطقة وأهداف التقدم والتنمية فيها، وإعداد أنظمة وترتيبات وشروط نقل التقنية وإبرام اتفاقيات موحدة لتحقيق هذه الأغراض مع الحكومة أو المؤسسات العلمية أو التجارية الأجنبية، والعمل على تنسيق سياسات وبرامج البحث العلمي والتقني، وإنشاء مراكز وبرامج مشتركة في المجالات العلمية و التقنية .
3. "لجنة وكلاء ونواب الجامعات ومؤسسات التعليم العالي والبحث العلمي" المنبثقة عن لجنة وزراء التعليم العالي والبحث العلمي التابعة للأمانة العامة لمجلس التعاون لدول الخليج العربية والتي تعمل على التحضير لاجتماعات وزراء التعليم العالي والبحث العلمي في المجالات المتعلقة بشئون الجامعات والتعليم العالي والبحث العلمي والبعثات الخارجية وبرامج المنح .
4. "اللجنة الدائمة للثروة السمكية" المنبثقة عن لجنة التعاون الزراعي والمائي التابعة للأمانة العامة لمجلس التعاون لدول الخليج العربية والتي من مهامها استعراض حالة الثروات السمكية بدول المجلس وتنفيذ البحوث والمشاريع التي تساهم في تطوير الثروات السمكية ووضع القوانين والقرارات المطلوبة لإدارة مصائد الأسماك الخليجية ، كما تهتم اللجنة بالقضايا المتعلقة بالدرجة الأولى بالتلوث البحري وضبط وتناول وجودة الأسماك  بدول المجلس.